شکل 4-4- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR جایگاه 5`UTR ژن HSP70.1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10%.
همانطور که در شکل 4-4 دیده می‌شود، درنمونه‌های مورد بررسی نوع ژنوتیپ AA، BB و AB مشاهده شد.
شکل 4-5- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR جایگاه 3`UTR ژن HSP70.1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10%
همان‌طور که در شکل 4-5 دیده می‌شود، نمونه‌های مورد بررسی از یک الگوی باندی تبعیت می‌کنند و همه‌ینمونه‌ها یک الگوی باند را نشان دادند نتایج الکتروفورز نشان داد که این جایگاه مونومورف می‌باشد.
4-2-2- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژن HSP90AB1
دوقطعه از منطقه اگزون 3- 4 و اگزون 9-10 از ژن HSP90AB1با طول‌های 421 و 351 جفت بازی توسط آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. الکتروفورز محصولات PCR این جایگاه روی ژل آگارز 1% و در حضور سایز مارکر 50 جفت بازی انجام شد و صحت تکثیر قطعه مورد نظر تایید شد. نمونه‌ای از محصولات PCR تکثیر شده جایگاه‌های مورد نظر در شکل 4-6 و 4-7 آمده است.
شکل 4-6- محصولاتPCRمربوط به اگزون 3-4 ژن HSP90AB1
شکل 4-7- محصولات PCR مربوط به اگزون 9-10 ژن HSP90AB1
در پژوهش حاضر به‌منظور پوشش کامل تمام طول ناحیه تکثیر شده از این تکنیک استفاده شد. برای شناساییچند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در این جایگاه‌ها از تکنیک SSCP و ژل پلی‌اکریل‌آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره استفاده شد. نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات پی‌سی‌آر این دو جایگاه توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10% در شکل 4-8 و 4-9 به تصویر کشیده شده است.
شکل 4-8- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR بین اگزون 3-4 از ژن HSP90AB1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10%
همان‌طور که در شکل 4-8 دیده می‌شود در نمونه‌های مورد بررسی دو نوع ژنوتیپ 1 و 2 دیده می‌شود.
شکل 4-9- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR بین اگزون 9-10 از ژن HSP90AB1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10%
همان‌طور که در شکل 4-9 دیده می‌شود، نمونه‌های مورد بررسی از یک الگوی باندی تبعیت می‌کنند و همه‌ینمونه‌ها یک الگوی باند را نشان دادند. نتایج الکتروفورز نشان داد که این جایگاه مونومورف می‌باشد.
4-3- بررسی آماری
4-3-1- فراوانی ژنوتیپی و آللی
جهت بررسی ارتباط جایگاه ژنی و عملکردتولیدی، ابتدا حیوانات برای صفت تولید شیر روزانه به دو گروه تقسیم شدند که گروه 1 دارای ارزش فنوتیپی پایین و گروه 2 دارای ارزش فنوتیپی بالای در سطح مزرعه هستند. فراوانی‌های ژنوتیپی و آللی برای دوگروه در جایگاه5`UTR ژن HSP70.1 و منطقه بین اگزون 3 و 4 ژن HSP90AB1 به ترتیب در جداول 4-1 و 4-2 نشان داده شد. در جایگاه 5`UTR ژن HSP70.1 در دو گروه، ژنوتیپ هموزیگوت AA و آلل A بیش‌ترین فراوانی را داشتند.
جدول 4-1- فراوانی آللی و ژنوتیپی جایگاه 5`UTRژن HSP70.1 در دو گروه
فراوانی آللی(درصد)
فراوانی ژنوتیپی (درصد)
گروه
A
B