3-7-1- برآورد فراوانی‌های ژنوتیپی وآللی
فراوانی‌های ژنوتیپی و آللی برای هر یک از جایگاه‌های مورد مطالعه با استفاده از نرم افزار POPGENE نسخه 32/1 و با معادله‌های ریاضی زیر برآورد شدند.
معادله 3-2:
معادله 3-3:
که در این روابط:
Pi: فراوانیآلل if: تعداد افراد تعیینژنوتیپ شده
Pj: فراوانی آلل jN: تعداد کل افراد در جامعه
3-7-2- تجزیه و تحلیل ارتباط ژنوتیپ با صفات
در بررسی ارتباط بین ژنوتیپ‌های هر یک از جایگاه‌های ژنی و صفات مورد مطالعه داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار Microsoft Office Excel مرتب شدند و اعداد خارج از محدوده‌ی بیولوژیک حذف شدند. جهت مقایسه فراوانی‌های آللی و ژنوتیپی از آزمون دقیق فیشر و برای بررسی ارتباط بین ژنوتیپ‌ها و صفات تولیدی مورد مطالعه از رویه GLMنرمافزار SAS نسخه 1/9 استفاده شد و میانگین‌ها براساس آزمون دانکن مقایسه شدند. مدل آماری مورد استفاده به شرح زیر بود:
Yijk =µ + Gi+ Pj + eijk
که دراین رابطه Yij: مشاهدات مربوط به صفات مورد مطالعه،µ: میانگین جامعه برای صفت مورد نظر،Gi: اثر iامین ژنوتیپ، Pj: اثر شکم زایش و eijk: اثر خطا تصادفی می‌باشند.
فصل چهارم
نتایج
4-1- کمیت و کیفیت DNA استخراج شده
استخراج DNA از نمونه‌های خون با روش نمکی بهینه یافته انجام شد و کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با استفاده از روش الکتروفورز ژل آگارز 7/0 درصد تعیین شد. در شکل 4-1 نمونه‌هایی از DNA استخراج شده نشان داده شده است.
شکل 4-1- نمونه‌ای از DNA استخراج شده
4-2- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژنی مورد مطالعه با تکنیک SSCP
4-2-1- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژن HSP70.1
دو قطعه از منطقه5`UTR و 3`UTRژن HSP70.1با طول‌های 539 و275 جفت بازی توسط آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. الکتروفورز محصولات PCR این جایگاه روی ژل آگارز 1% و در حضور مارکر سایز 50 جفت بازی انجام شد و صحت تکثیر قطعه مورد نظر تایید شد. نمونه‌ای از محصولات PCR تکثیر شده جایگاه‌های مورد نظر در شکل 4-2 و 4-3 آمده است.
شکل 4-2- محصولات PCR مربوط به جایگاه 5`UTR ژن HSP70.1
شکل 4-3- محصولات PCR مربوط به جایگاه 3`UTR ژن HSP70.1
در پژوهش حاضر به‌منظور پوشش کامل تمام طول ناحیه تکثیر شده از این تکنیک استفاده شد. برای شناساییچند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در این دو جایگاه از تکنیک SSCP و ژل پلی‌اکریل‌آمید و رنگ‌آمیزی نیترات نقره استفاده شد. نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات پی‌سی‌آر این دو جایگاه توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10% در شکل 4-4 و 4-5 آمده است.